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第二天一大早，鸣人发现琳并不在家，刚出门就接到佐助连夜叛逃木叶的通知。
为了不让佐助被村子当成叛忍遭到暗部的追击和处决，鸣人和同期的鹿丸宁次等人组成小队，誓要追回佐助。
途中却遭遇大蛇丸部下的埋伏，在同伴们的开路下，鸣人成功追上佐助，但被君麻吕挡住去路，随后砂隐三人组加入对战，帮助木叶打败音忍五人众。
鸣人成功在终结谷追上佐助，劝说无果下，两人交手。
鸣人，你永远不会理解我的痛苦
虽然你从小无父无母，但是你有一个姐姐，你没有尝过失去的滋味
咒印状态下佐助用雷切把鸣人按进水里。
佐助，就算你这么说…
我也要把你带回木叶，我不能看着你误入歧途
鸣人的九尾查克拉爆发，一尾形态出现。
忍术的对撞频频发生，搅得水面不得安生。琳站在初代的头像上，默默的看着瀑布下鸣人和佐助的对决。
下雨了，雨滴顺着淋的发丝滑落，浸湿了她的衣裳。
野原琳就因为我干涉的过多么……
她看着一尾形态的鸣人占据绝对着优势，打的佐助还不了手，最终以单手螺旋丸击飞咒印形态的佐助，幽幽地叹了口气，自嘲道。
野原琳真没想到，我也会有这么一天，成了推动世界进程发展的棋子……
但是，这个棋子她不得不做，为了以后，她必须从大蛇丸那里学到新的知识和技术。
等鸣人的螺旋丸和佐助的千鸟对撞那一刻，琳动了，她跃下石像，看着佐助再次被击飞滚到岩岸边，琳无声的走向鸣人。
佐助，跟我回去吧
鸣人的注意力全在佐助身上，他正要上前去背佐助，却被一记附带昏迷的掌仙术打中后勃颈。
禀姐姐……
鸣人趴在地上，艰难的抬起头，不解的看着琳。
为什么？
琳沉默不语，淡淡的看着鸣人，鸣人内心慌了，他很害怕看到琳露出这个神情。鸣人很想伸手去抓紧琳的手，但是他做不到了。
你……
野原琳还不走吗？
佐助虽然不知道琳为什么要帮他，但是他还是忍着伤痛，爬起来，一瘸一拐向着森林走去。
身后传来忍犬帕克的叫声，琳微微转身，看向刚刚赶来的卡卡西。
琳，你为什么要这么做呢？
野原琳卡卡西，你是想阻止我吗？
…我只是……
……能告诉我原因吗？
野原琳大蛇丸那里有我需要的东西，如果错过这次机会，就没有时间允许我再等下次了
这样太危险了……
野原琳卡卡西，你答应过我的，当一个旁观者
可是……我不能眼睁睁的看着你因为这次的决定而遭受无法预知的伤害……
卡卡西急忙拉住琳的右手腕。
野原琳你认为大蛇丸能伤到我吗？
…不，他伤不了你…
看着琳去意已决，卡卡西松开了手，他背起昏迷的鸣人。
鸣人这边……
野原琳我留给他了一封信
我还能再见到你吗？
野原琳会的
雨停了，卡卡西看着琳追进森林里，眼神中流露出落寞的神情。
这时候，鸣人醒了。
卡卡西老师…
你醒了啊！
佐助他……我没能追回佐助
这也是没有办法的事
两个人都心照不宣的没有提及琳。
回到木叶后，自来也将信交给鸣人，鸣人读完信后，失落的倒在沙发上，他不明白琳为什么要阻止他带回佐助，然后一声不吭的回去了铁之国，只留下这座空荡荡的房子给他。
一周后，鸣人刚走出琳不辞而别的失落感，就接到了铁之国发来的消息。鸣人冲到火影办公室，不可置信的看着纲手递给他的死亡通告。
纲手婆婆，这是骗我的对不对？
禀姐姐她……怎么可能因病去世呢
我要去铁之国
鸣人，接受现实吧，唉……
卡卡西也在场，他保持着沉默，别过头，不去看鸣人伤心的模样。
鸣人失魂落魄的走出火影大厅，碰到了自来也。
鸣人…人死不能复生，看开点
我带你去吃一乐拉面吧
鸣人盯着碗里的面条，一点食欲也没有。
佐助他也是这种感觉么……
不，他的感觉比我要深刻数倍……
这就是禀姐姐说的换位思考么
自来也不忍心看着鸣人这个样子，温和的说道。
鸣人，跟我去游历各国修行吧
鸣人接受了自来也的提议，他要变得更强，追回挚友。自此，鸣人跟着自来也踏上了为期三年的修行之旅。